La Iglesia de San Clemente es un templo románico de pequeñas dimensiones. Está situado cerca del Acueducto de Segovia. Como en muchos otros edificios de la ciudad, el paso del tiempo ha ido modificando la estructura original con diferentes reformas. El templo tiene una sola nave y termina en un ábside semicircular de influjo cisterciense bastante peculiar. El mismo tiene dos niveles o alturas diferentes.
El nivel inferior está dividido así en tres espacios. Cada uno de estos espacios tiene dos ventanas de medio punto con una arquivolta. Ésta tiene los capiteles esculpidos con motivos vegetales. En el interior se pueden encontrar pinturas murales con diversos motivos. Por ejemplo, Pantocrátor en su mandorla, Virgen y santos.
En el muro sur existe una galería porticada con pinturas murales que podrían representar la escena del Juicio Final. Dicha galería tiene un total de cinco arcos que se apoyan en columnas dobles con los capiteles esculpidos con motivos vegetales. Es precisamente ahí donde se encuentra la puerta de acceso a la iglesia. Está formada por tres arquivoltas esculpidas también con motivos vegetales. Existe otra puerta, que aparece tapiada, y está proyectada hacia el exterior debido a los contrafuertes de sus laterales. Cuenta con tejadillo apoyado en canecillos y también vano abocinado. La torre de la Iglesia de San Clemente es de poca altura. Se levanta sobre el mismo crucero.